Program unggulan dari Yayasan Qaryatan Mubarakah Kepulauan Selayar berfokus pada pengembangan pendidikan Islam dan kegiatan sosial kemasyarakatan. Berikut adalah beberapa program unggulan yang menjadi prioritas lembaga:

1. Program Tahfidzul Qur'an
Program ini merupakan salah satu kegiatan inti yayasan, yang mendidik anak-anak dan remaja untuk menghafal Al-Qur'an. Dengan bimbingan khusus, peserta didik dibina untuk menghafal, memahami, serta mengamalkan ajaran Al-Qur'an dalam kehidupan sehari-hari. Program ini dilaksanakan di tahfidz school yang telah berdiri selama empat tahun dan menjadi pusat pendidikan unggulan di wilayah Kepulauan Selayar.

2. Pembangunan dan Pengelolaan Masjid
Yayasan juga berfokus pada pembangunan masjid sebagai pusat ibadah dan kegiatan keagamaan. Masjid ini tidak hanya menjadi tempat ibadah, tetapi juga pusat untuk kajian Islam, pendidikan agama, serta kegiatan sosial keagamaan lainnya. Masjid yang sedang dalam proses pembangunan saat ini diproyeksikan menjadi pusat kegiatan dakwah di Kepulauan Selayar.

3. Program Bantuan Sosial
Yayasan menjalankan program sosial yang membantu masyarakat miskin, anak yatim, dan korban bencana alam di daerah sekitar. Melalui penggalangan dana dan penyaluran zakat, infak, dan sedekah, Yayasan Qaryatan Mubarakah aktif memberikan bantuan kepada masyarakat yang membutuhkan. Ini mencakup kebutuhan pokok, beasiswa, hingga bantuan kesehatan.

4. Kegiatan Dakwah dan Kajian Keislaman
Sebagai lembaga dakwah, Yayasan rutin mengadakan kajian keislaman yang melibatkan masyarakat sekitar. Kegiatan dakwah ini dilakukan dalam bentuk pengajian, ceramah agama, dan halaqah (kelompok belajar), yang bertujuan meningkatkan pemahaman keislaman serta memperkuat ukhuwah (persaudaraan) di tengah masyarakat.

5. Pembangunan Fasilitas Pendidikan dan Asrama Santri
Sejalan dengan misi pendidikan, yayasan sedang membangun fasilitas yang lebih memadai untuk menunjang program tahfidz. Salah satu fokus utama saat ini adalah pembangunan asrama santri yang lebih layak serta ruang belajar yang nyaman untuk mendukung proses pendidikan.

Program-program tersebut menggambarkan komitmen Yayasan Qaryatan Mubarakah dalam mencetak generasi yang Qur'ani dan berakhlak mulia, serta membantu masyarakat sekitar melalui pendidikan dan kegiatan sosial.