Dana yang terkumpul dalam program Sedekah Air untuk Masjid dan Pesantren serta Wakaf Material untuk Masjid akan dialokasikan secara transparan dan tepat sasaran melalui yayasan terpercaya yang bertanggung jawab dalam pelaksanaan program ini. Sebagian besar dana akan digunakan untuk pembiayaan pengeboran sumur di masjid dan pesantren yang mengalami kesulitan air bersih, termasuk biaya pembelian pompa air, toren penampungan, instalasi pipa, serta perawatan agar air dapat terus mengalir dengan baik untuk kebutuhan wudhu, mandi, dan konsumsi. Selain itu, dana juga akan dialokasikan untuk pengadaan material bangunan seperti semen, pasir, batu bata, besi, serta bahan lainnya guna mendukung pembangunan atau renovasi masjid yang membutuhkan. Setiap proses pengadaan dan distribusi material akan diawasi agar tepat guna dan sesuai dengan kebutuhan di lokasi penerima manfaat. Sebagian kecil dana juga akan digunakan untuk biaya operasional, seperti survei lokasi, koordinasi dengan pihak terkait, transportasi, dan administrasi guna memastikan efektivitas program. Dengan perencanaan ini, diharapkan bantuan yang diberikan dapat memberikan manfaat jangka panjang bagi masjid dan pesantren yang menerima, serta menjadi amal jariyah yang terus mengalir pahalanya bagi para donatur.